Российские биоинформатики из МФТИ создали Shambhala — единую платформу, на которой собраны разные данные об экспрессии (активности) генов человека. Это открывает новые возможности для мировой науки. Теперь ученым всей планеты будет проще разрабатывать новые вакцины и лекарства.
Зачем нужна Shambhala
Генетики обычно используют два подхода для получения больших данных об экспрессии: микрочиповую гибридизацию и секвенирование. Методы работают на совершенно разных технологических платформах. Из-за этого результаты исследований нестандартизированы и плохо совместимы. При этом сложно понять почему: из-за биологических, технических или бюрократических факторов.
«Уже давно ученые бьются над тем, чтобы профили генной экспрессии были сравнимы друг с другом. Обычно берут два или три набора данных и соединяют результаты с помощью алгоритма, подобранного именно для этих наборов данных. То есть решается частная, а не универсальная задача. В итоге для каждого нового сравнения требуется и новая процедура», — объяснил заведующий лабораторией биоинформатики МФТИ Антон Буздин.
Он вместе с коллегами разработал универсальный вариант представления данных — платформу Shambhala. Она преобразует каждый профиль генной активности в заранее определенный стандартный формат. Они объединяются в матрицу, и ее части можно сравнить между собой как угодно.
Чем это поможет ученым
Анализ генной активности позволяет найти лечение многих хронических заболеваний, в том числе рака и новых инфекций. Стандартизированные данные помогут понять причину их появления и механизмы развития. Так подберут медикаменты для каждого конкретного случая, а также соберут информацию для разработки РНК-вакцин нового поколения.
Сейчас на Shambhala доступны профили примерно 8000 наиболее активных генов человека, их можно проанализировать с высокой точностью.