В начале XX века пиренейские рыси были обычным видом в лесах Испании, Португалии и юга Франции. Однако в течение следующего столетия популяция резко сократилась из-за охоты и разрушения природных экосистем.
В результате вид оказался на грани полного исчезновения. В 2001 году в мире оставалось всего 62 взрослые пиренейские рыси, которые жили на двух изолированных участках в Андалусии.
Однако сейчас в природе живет уже более 2000 молодых и взрослых животных. Они быстро увеличивают численность благодаря разведению в неволе, восстановлению среды обитания и реинтродукции.
Международный союз охраны природы изменил статус пиренейских рысей с вымирающего на уязвимый вид. Однако зоологи предупреждают, что животные пока не находится в полной безопасности.
Им угрожают потенциальные колебания численности кроликов из-за инфекционных болезней, болезни домашних кошек, браконьерство и гибель на дорогах, а также антропогенные изменения климата.